Sejarah berdirnya Fakultas Peternakan sungguh sangat unik. Keunikan itu terlihat dari proses metamorfosis Fakultas ini. Pada tanggal 8 Mei 1963, ketika Universitas Tadulako (UNTAD) masih berstatus swasta yang kemudian berstatus terdaftar, dengan nomor : 94/B-SWT/P/1964. Pada Tanggal 1 Januari 1966, Universitas Tadulako ditetapkan menjadi Universitas Negeri Cabang Universitas Hasanuddin (Unhas) dengan Surat Keputusan Menteri PTIP No. 1 tahun 1966. Sejak berdirinya hingga berubah menjadi Univeristas Cabang Unhas, UNTAD di konstruksi dan dibingkai oleh 3 Fakultas, yakni :
- Fakultas Peternakan,
- Fakultas Ekonomi,
- Fakultas Sosial Politik,
Metamorfosis pertama terjadi pada tanggal 18 Agustus 1981 disaat UNTAD secara resmi dirubah statusnya menjadi Universitas Negeri Independen melalui pelantikan Rektor. Prosesi pelantikan dan perubahan status ini didasarkan kepada Surat Keputusan Presiden Republik Indonesia No. 36 Tahun 1981, tanggal 14 Agustus 1981. Konsekwensi dari perubahan status ini adalah berubahnya nama Fakultas Peternakan menjadi Fakultas Pertanian. Saat itu Fakultas Pertanian terdiri dari dua jurusan, yaitu Jurusan Budidaya Pertanian dan Jurusan Peternakan. Jurusan Peternakan saat itu hanya memiliki satu program studi yakni program studi Produksi Ternak.
Pada tahun 1997, Jurusan Peternakan berkembang dengan lahirnya program studi Nutrisi dan Makanan Ternak melalui SK Dirjen DIKTI No. 84/DIKTI/KEP/1997, tertanggal 28 April 1997. Pada Tahun 2003, format jurusan Peternakan terus berkembang dengan terbentuknya program studi Budidaya Perairan, melalui Surat Dirjen DIKTI No. 936/D/T/2003 tertanggal 7 Mei 2003. Pada tahun 2007, melalui SK Dirjen No. 163/DIKTI/KEP/2007, tertanggal 29 November 2007 mengenai kodifikasi dan penataan program studi, 2 prodi (produksi ternak dan Nutrisi makanan ternak) dilebur menjadi satu prodi, yakni prodi peternakan.
Metamorfosis kedua terjadi ditahun 2012 melalui Permendikbud No. 70 melalui Pengesahan Organisasi dan Tata Kerja (OTK) tertanggal 12 November 2012. Pengesahan OTK ini menjadi legalitas formal terbentuknya Fakultas Peternakan dan Perikanan. Saat ini Fakultas Peternakan dan Perikanan terdiri dari 1 jurusan (peternakan) dan 2 Program Studi, yakni program studi peternakan dan Budidaya Perairan.
Kepemimpinan di Fakultas Peternakan dan Perikanan berawal dari kepemimpnan di Fakultas Pertanian selama berstatus cabang disebut Dekan Muda yang didampingi oleh para Pembantu Dekan Muda atau sekretaris Dekan. Tetapi sejak berstatus Negeri, kepemimpinan di Fakultas Pertanian berubah menjadi Dekan sedang pembantunya disebut Pembantu Dekan I, Pembantu Dekan II, Pembantu Dekan III, sedangkan periode sekarang kepemimpinan Fakultas pertenakan dan perikanan berubah menjadi Dekan sedangkan pembantunya disebut Wakil dekan bidang akademik, wakil dekan bidang umum dan kemahasiswaan dan wakil dekan bidang kemahasiswaan.
Pimpinan Fakultas Pertanian selama berstatus swasta periode 1963 – 1966, telah mengalami perubahan sebagai berikut:
Status Negeri (Berdiri Sendiri) Tahun 1981
Periode I Tahun 1982 – 1986
Dekan: Ir H. Masri Bustami, M.Sc.
Pembantu Dekan I: Ir. Soeroso
Pembantu Dekan II: Ir. Muh. Yasaf Koddang, MS.
Pembantu Dekan III: Ir. Hamid Noor, MS.
Periode II Tahun 1986 – 1990
Dekan: Ir Muhammad Idris
Pembantu Dekan I: Ir. S.G. Soenaryanto
Pembantu Dekan II: Ir. Djernih Abd. Rauf, MS.
Pembantu Dekan III: Ir. Wardah, M.Sc.
Periode III Tahun 1990 –1994
Dekan: Ir. H. Masril Bustami, MSc
Pembantu Dekan I: Dr. Ir. Abd. Main Labaso, MS
Pembantu Dekan II: Ir. Burhanuddin Samad, SH
Pembantu Dekan III: Ir. Max Nur Alam, MS
Periode IV Tahun 1994 –1998
Dekan: Ir. Mohammad Idris
Pembantu Dekan I: Ir. Burhanuddin Samad, SH
Pembantu Dekan II: Ir. Djerni Abd. Rauf, MS.
Pembantu Dekan III: Ir. Max Nur Alam, MS
Periode V Tahun 1998 – 2002
Dekan: Ir. Burhanuddin Samad, SH.
Pembantu Dekan I: Ir. Abdul Kadir Paloloang, MP.
Pembantu Dekan II: Ir. Abdullah Naser, MP.
Pembantu Dekan III: Ir. Anshar Pasigai, MS
Periode VI Tahun 2002 – 2007
Dekan: Ir. H. Abdullah Naser, MP
Pembantu Dekan I: Dr. Ir. Muh. Basir, SE. MS
Pembantu Dekan II: Ir. Hj. Fatmawati Saloko, MP.
Pembantu Dekan III: Dr. Ir. Fathurrahman, MS.
Periode VII Tahun 2007 – 2011
Dekan: Prof Dr. Ir. Muh. Basir, SE, MS.
Pembantu Dekan I: Prof Dr. Ir. Alam Anshary, MS.
Pembantu Dekan II: Prof. Dr. Ir. Mahfudz, MS.
Pembantu Dekan III: Ir. Sagaf, MP.
Periode VIII Tahun 2011 – 2015
Dekan: Prof. Dr. Ir. H. Alam Anshary, M. Si
Wakil Dekan Bidang Akademik: Dr. Ir. Sakka Samudin, MP
Wakil Dekan Bidang Akademik: Ir. Uswah Hasanah, M.Agr.Sc. Ph.D
Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan: Ir. Iskandar M. Lapanjang, MP
Terbentuknya Fakultas Peternakan dan Perikanan
Periode IX Tahun 2012 – 2016
Dekan: Prof. Dr. Ir. Kaharudin Kasim, M.S.
Wakil Dekan Bidang Akademik: Dr. Ir. Rusdin, M.P.
Wakil Dekan Bidang Umum dan Keuangan: Prof. Dr. Ir. Asriani. Hasanuddin., M.S
Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan: Dr. Ir. Fadly, Y. Tantu, M.Si.
Periode X Tahun 2016 – 2020
Dekan: Prof. Ir. Burhanuddin Sundu, M.Sc. Ag, Ph. D
Wakil Dekan Bidang Akademik: Prof. Dr. Ir. Asriani Hasanuddin, MS.
Wakil Dekan Bidang Umum dan Keuangan: Dr. Nasmia, S.Pi., M.Si.
Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan: Dr. Ir. Syahrir, MP.
Periode XI Tahun 2020 – 2024
Dekan: Dr. Ir. Rusdin, M.P. IPU
Wakil Dekan Bidang Akademik: Dr. Ir. Syahrir, M.P.
Wakil Dekan Bidang Umum dan Keuangan: Dr. Ir. Moh. Ismail Wumbu, M.P.IPM
Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan: Dr. Ir. Samliok Ndobe, M.Si.